控除
概要
日本の所得税法に定められた所得控除は全16種類。 このうち年末調整で申告可能なのは13種類、残り3種類は確定申告が必要。 年末調整ではこれに加えて、所得金額調整控除（所得金額の調整）と住宅借入金等特別控除（税額控除）も処理する。
所得控除の分類
年末調整で扱う13種類の所得控除は、人的控除（Exemption） と 物的控除（Deduction） の2つに大別される。
- 人的控除（9種類）: 本人・家族の属性（身分・年齢・所得・障害の有無等）に基づく控除。控除額は法定の定額です。
- 物的控除（4種類）: 本人が実際に支払った保険料・掛金の額に基づく控除。控除額は支出の実額から計算されます。
所得控除以外の控除・調整
年末調整では所得控除に加えて、以下の2つも処理する。
所得金額調整控除: 所得控除ではなく、給与所得の計算上の調整。給与収入が一定額を超え、かつ特定の要件（23歳未満の扶養親族・特別障害者等）を満たす場合に適用。
住宅借入金等特別控除: 所得控除ではなく税額控除。住宅ローンの年末残高に基づき、算出所得税額から直接差し引く。2年目以降が年末調整の対象。
所得控除の適用順序
所得控除の合計額を課税給与所得金額の計算で差し引く際、所得控除間に法定の適用順序はない。
所得税法上、課税所得金額は「合計所得金額 − 所得控除の合計額」として計算される（所得税法72〜86条で各控除を定義し、第89条で合計額を一括控除）。個々の控除を順番に差し引くのではなく、全控除の合計額をまとめて1回で差し引く。
したがって:
- 控除の計算順序によって税額が変わることはない
- 各控除は独立に計算でき、並列処理も可能
- 所得控除の合計額が課税所得を超える場合（控除しきれない場合）、課税所得は0円となる。どの控除が「使い切れなかった」かという区別は生じない
注意: これは「所得控除」の話であり、「税額控除」（住宅借入金等特別控除）は別のステップで処理される。所得控除→税額控除という 二段階構造 には明確な順序がある。
→ 年税額計算 のステップ⑤〜⑧を参照
確定申告が必要な所得控除
以下の3種類は年末調整では処理しない。
| 控除名 | 確定申告が必要な理由 |
|---|---|
| 雑損控除 | 災害・盗難等の損失額の算定が複雑で個別判断が必要 |
| 医療費控除 | 年間の医療費集計が必要で、領収書等の確認が不可欠 |
| 寄附金控除 | 寄附先の適格性確認が必要（ふるさと納税ワンストップ特例は別制度） |
給与所得控除・公的年金等控除について
「給与所得控除」「公的年金等控除」は名称に「控除」を含むが、所得控除とは異なる概念である。 収入金額から所得金額を算出するための概算経費であり、所得控除よりも前段の処理にあたる。